주인공 제제는 가난한 가정에서 태어났지만 착하고 상상력이 풍부한 개구쟁이 소년이다. 어려운 형편이 지속되던 가운데 제제의 가족들은 진지야 할머니네 집으로 이사를 한다. 이사 간 곳에는 멋진 나무들이 있었지만 모두 누나와 형들의 차지였다.
제제는 담 옆 한쪽에 보잘 것 없이 작고 어린 라임 오렌지 나무 한그루를 발견한다. 제제는 라임 오렌지 나무에게 ‘밍기슈’라는 이름을 붙여주고 자신만의 친구로 삼는다. 이후 제제는 자신의 모든 일을 나무에게 털어놓으며 우정을 쌓아간다.
한편, 장난기가 아주 심한 제제는 잠시 멈춰있는 차량 뒤에 몰래 올라타 매달리는 놀이를 즐겼다. 일명 ‘박쥐놀이’로 그 마을 아이들은 엄하기로 유명한 한 포르투갈아저씨의 차에서 ‘박쥐놀이’를 하고 싶어 했다. 제제는 용기를 내서 일을 감행했다가 포르투갈아저씨에게 들키고 만다.
이 일을 계기로 포루투갈 아저씨와 마음을 터놓고 지내는 사이가 되고 그를 ‘뽀르뚜까’라는 애칭으로 부른다. 뽀르뚜까 아저씨는 제제가 아빠에게 느끼지 못했던 따뜻함을 느끼게 해주고 사랑의 소중함을 가르쳐준다.
하지만 어린 제제가 감당하기 어려운 일이 연달아 일어난다. 마음을 나누던 뽀르뚜까 아저씨가 그만 기차사고로 죽게 된 것이다. 게다가 도록확장사업으로 마당에 있는 나무를 모두 베어버린다는 이야기를 전해 듣는다. 제제는 충격에 싸여 며칠 밤낮을 앓게 된다.
제제는 꿈속에서 밍기뉴를 만나 이야기를 나누고 마음 속 밍기뉴를 날려 보낸다. 뒤늦게 도록확장사업은 몇 십 년 후에나 시행 될 거라는 사실을 알게 되지만 제제는 다시 밍기뉴를 찾지 않는다.
책은 제제의 성장기를 그렸다. 특히 제제가 아빠와 나누는 다음 대목은 제제가 아이에서 어른이 되는 전환점을 보여준다. 오렌지 나무를 새로운 곳에 옮겨 주겠다는 아빠의 말에 제제는 이렇게 답한다.
“전 이미 자랐어요, 아빠. 내 라임 오렌지 나무를 자른 지 일주일이 훨씬 지났어요.”
소설 속 탁월한 복선은 없지만 사랑스런 악동 제제의 이야기를 통해 어린이들의 감성과 마음을 들여다볼 수 있다. 가난하지만 나눔과 사랑이 무엇인지 알고 있는 제제는 마음의 여유가 없는 아이와 어른들 모두에게 심심한 위로가 되어준다.
